蕭琦（？

—1648年3月10日），字韓若，江西吉安府吉水縣人，明朝、南明政治人物。

蕭琦原名蕭嗣琦，天啟七年（1627年）高中江西鄉(xiāng)試第二名舉人，崇禎十年（1637年）登丁丑科進士，授廣東始興知縣，調高要縣，興建閱江樓和諸生講學，因事連坐罷官。

李邦華、李日宣為他辯護，遷工部都水主事，又謫浙江諸暨知縣，案件未留下任何文書。

許都作亂，與陳子龍招降他，轉為刑部河南司主事、儀制主事。

隆武年間，楊廷麟命他到廣東，他卻侵吞事例銀數萬；除授禮科給事中，住在郝永忠軍營內，獲推薦擔任左僉都御史監(jiān)督糧餉、恢復國土和剿滅敵匪。

郝永忠索求糧餉，他出力聚斂。

永歷帝打算進入土州，蕭琦疏上「十方便、十不方便」勸止，擢升為兵部左侍郎。

永歷元年（1647年）十一月，代王化澄出任兵部尚書，兼掌都察院，推薦書記劉方夏自中書舍人遷官職方主事。

蕭琦本來有民望，注重名節(jié)，但到此時是未能保持廉潔；其時國庫空虛，賣官取財，積得數萬也無濟于事。

次年（1648年），永歷帝到南寧，蕭琦和王化澄、嚴起恒、馬吉翔、龐天壽、許兆進、吳其雷、尹三聘、洪士彭同行。

李成棟反正，他賄賂北鎮(zhèn)撫趙元符向羅成耀自薦；陳邦傅掌政，讓家丁包圍蕭琦的船辱罵，將其財產丟到象州水中。

十月，朝廷駐扎韶州，蕭琦追問劫餉的人民，被地方民眾群毆，受重傷，走到南雄時去世。